医院废水指医院门诊、病房、手术室、各类检验室、病理解剖室、放射室、洗衣房、太平间等处排出的诊疗、生活及粪便污水。当办公、食堂、宿舍等排水与上述污水混合排出时亦视为医院污水。医院废水处理工艺流程如下所示：
1、 特殊性质污水应经预处理后进入医院污水处理系统。
2、 传染病区污水应在预消毒后采用二级处理+消毒工艺或二级处理+深度处理+消毒工艺。
3、 非传染病医院污水，若处理出水直接或间接排入地表水体或海域时，应采用二级处理+消毒工艺或二级处理+深度处理+消毒工艺。若处理出水进入城市污水管网，可采用强化+消毒工艺。
如传染病医院污水处理工艺流程如下：